医院调解医疗纠纷可以选择以下部门：
卫生行政部门：
作为医疗行业的行政管理机构，有权对医疗事故进行调解和处理。
医疗纠纷人民调解委员会：
这是一个由具有医学、法学等专业知识的人员组成的第三方调解机构，能够公正、中立地进行调解。
法院：
在诉讼过程中，法院也会组织双方进行调解。
您可以根据具体情况选择合适的调解部门
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