当企业支付软件著作权申请费时，会计处理应遵循以下步骤：
1. 确认费用类别：将软件著作权申请费归入“研发支出”或“无形资产”科目，依据是费用是否与开发新的无形资产直接相关。
2. 发生时记录：当支付申请费时，计入相应的会计科目。例如，借记“研发支出”或“无形资产”，贷记“银行存款”或“应付账款”。
3. 资本化或费用化：如果费用与新软件的开发直接相关且可资本化，计入无形资产并按摊销政策分期计入损益。否则，作为期间费用一次性计入损益。
4. 编制凭证：制作会计凭证，详细记录交易信息，包括日期、金额、科目等。
5. 记入财务报表：在资产负债表上，资本化的申请费体现在无形资产项下；在利润表中，费用化的部分体现在管理费用等相关项目。
6. 无形资产摊销：如果申请费被资本化，则需要在无形资产的使用寿命内进行摊销，摊销方法通常采用直线法。
7. 期末结转本年利润：将摊销额计入管理费用，反映在利润表的损益中。
具体的会计分录如下：
申请成功的：
```
借：无形资产
贷：研发支出——资本化支出——其他
```
没有申请成功的：
```
借：研发支出——费用化支出——其他
贷：研发支出——资本化支出——其他
```
期末做账：
```
借：管理费用——研发支出——其他
贷：研发支出——费用化支出——其他
```
请确保所有操作符合企业的会计政策和《企业会计准则》
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